第二军医大学图书馆创建于1949年9月12日，当时称华东军区人民医学院图书馆，1951年随学校更名为现名。
第二军医大学图书馆于1999年4月迁入新馆。馆舍面积11，000平方米。藏书50万册（军事医学为主要特色），订阅中外文期刊近5000种（含电子型），有10余种文摘及全文数据库上网供读者利用。提供阅览（包括多媒体阅览室）、咨询（含情报检索、课题查新）、缩微、复印、声像、装订、馆际互借（原文传递）等服务项目。承担全校学生"医学信息检索与利用"课的教学任务。图书馆还承担了校园网的建设与维护。于1994年单机加入INTERNET，1995年建成学校E-mail工作站和远程光盘网络系统。1996年启动图书馆自动化管理系统。1998年完成校园网一期工程建设，实现了与中国教育科研网及上海科技网之间的直接光缆连接以及学校网络中心ATM主干网的建设。现已完成校园网二期工程，实现了网上视频点播（VOD）、视频广播与教学监控。
学校图书馆、医学信息教研室、学校校园网络中心，三位一体，优势互补，使人力、财力、设备、信息等各种资源发挥最大效益，成为建设一流军医大学不可或缺的组成部分。
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